綠色瑪瑙也是微晶質的石英集合體，與綠玉髓的區別在於地質成因的不同，瑪瑙的形成與火山活動有關，而綠玉髓則是風化淋濾的表生地質作用下形成的。從寶石學的角度，綠色瑪瑙與綠玉髓的最大區別是綠色瑪瑙的顏色是人工染色的，綠玉髓的顏色則是天然的，所以兩者的價格差別很大。不過瑪瑙染成綠色並非出於仿冒翡翠的目的，而是瑪瑙傳統的一種加工工藝。與綠玉髓相比，綠色瑪瑙與翡翠的區別更為明顯，主要的特徵如下。
石英微晶（化學式SiO2）為主，佔90%以上，含有數量不等的粘土雜質。
2.外觀特徵
染綠色瑪瑙一般為半透明，玻璃光澤，顏色均勻，但常可見平行的色帶。
3.物理性質
折光率：1.55左右；
相對密度：2.80左右；
摩氏硬度：7；
綠瑪瑙顏色比較均勻，有平行的色帶，沒有翡翠常見的色根。
2.結構特徵
拋光表面光滑，玻璃光澤，沒有橘皮效應，沒有粒狀結構。
3.物理性質
相對密度為2.6左右，折射率1.55，都比翡翠小很多。